Havanaisen härstammar ursprungligen från Medelhavs-området och fördes därifrån till Kuba av sjömän. Hur rasen fått sitt namn finns det två teorier om.

Den ena menar att namnet syftar på Kubas huvudstad Havanna, medan den andra menar att det är havannacigarrens färg som har gett rasen sitt namn.

I Medelhavs-området dog rasen mer eller mindre ut, medan den fortsatte att utvecklas
på Kuba, där den var mycket uppskattad som sällskapshund åt aristokratin.

Havanaisen kunde också, i äldre tider, påträffas bland kringresande teatersällskap och på cirkus.
Skådespelartalangen har den fortfarande i blodet. Med sitt "mjukare" psyke är den lättlärd, godmodig och ivrig att vara till lags. Den är en ren sällskapshund, har inga jakt- eller vallinstinkter, med andra ord, den idealiska familje- och sällskapshunden.